Jim Knopf und sein Freund Lukas der Lokomotivführer starten in ein neues Abenteuer.
Diesmal geht es unter das Meer, aber auch hoch über die Wolken. Denn die Lokomotive Emma lernt dank dem Erfindungsreichtum der beiden Freunde sogar fliegen. Auf ihrer Reise treffen die beiden auf die Seejungfrau Sursulapitschi und schließlich auf die Seeräuberbande „Die Wilde 13“.